Sebagai daerah dengan status otonomi khusus, Provinsi Papua memiliki sistem manajemen perencanaan pembangunan daerah yang mengkombinasikan antara peraturan yang berlaku dengan sistem konsolidasi perencanaan pembangunan yang disebut dengan Matriks Konsolidasi Perencanaan dan Penganggaran (MKPP). Pembangunan aplikasi perencanaan yang berdasarkan Peraturan Menteri Dalam Negeri nomor 54 Tahun 2010 tentang Pelaksanaan Peraturan Pemerintah Nomor 8 Tahun 2008 tentang Tahapan, Tatacara Penyusunan, Pengendalian, Dan Evaluasi Pelaksanaan Rencana Pembangunan Daerah ini telah diimplementasikan di Provinsi Papua dipadukan dengan MKPP. Aplikasi ini dibangun berbasis desktop dengan database online client-server, yang merupakan pengembangan lebih lanjut dari Sistem Informasi Manajemen Perencanaan yang telah diaplikasikan sebelumnya. MKPP sendiri merupakan suatu tabel matriks yang mengkonsolidasikan berbagai kebijakan, program dan kegiatan baik berdasarkan kerangka waktu (jangka menengah dan jangka pendek) maupun dari berbagai SKPD. Aplikasi Perencanaan MKPP yang sudah berjalan dibangun oleh Global Intermedia bersama Bappeda Provinsi Papua Bidang Penelitian dan Pengembangan sejak tahun 2009.